胰腺導管腺癌相關(guān)的隔室特異性lncRNA的綜合分析(Arnes, Liu et al. 2018)

胰腺導管腺癌是一種高度轉(zhuǎn)移的，且治療方法有限的疾病。基因組和轉(zhuǎn)錄組層面的分析已經(jīng)鑒定出相關(guān)的信號通路和驅(qū)動基因，并衍生出相應的治療方法。但是這些研究都是針對大量樣本，主要集中在對只占基因組很小部分的蛋白編碼基因的分析。因此，作者研發(fā)出一套計算方法，可以從RNA-Seq數(shù)據(jù)中重構(gòu)建非編碼基因轉(zhuǎn)錄本，整合分析體細胞拷貝數(shù)目的變化，以及與胰腺導管腺癌風險性相關(guān)的共同種系變異。作者在配對的激光捕獲顯微切割的人胰腺癌的上皮細胞和基質(zhì)細胞的RNA-Seq數(shù)據(jù)中驗證了這種計算方法，并對隔室特異的基因進行了注釋。進一步地，作者采用系統(tǒng)的和實驗生物學的方法研究發(fā)現(xiàn)胰腺導管腺癌中與遺傳特征和臨床效果相關(guān)的lncRNA的功能，發(fā)現(xiàn)了一類胰腺導管腺癌相關(guān)的lncRNA。然后作者通過生物學和臨床意義界定了這些lncRNA的分子亞型。RNA-Seq篩選出富集于隔室（上皮細胞或基質(zhì)細胞）的lncRNA，結(jié)合體細胞拷貝數(shù)目的變化和單核苷酸多態(tài)性挑選出目的lncRNA。系統(tǒng)生物學和實驗功能分析發(fā)現(xiàn)2個上表皮細胞的lncRNA（LINC00673和FAM83H-AS1）可能調(diào)控胰腺癌組織樣本和胰腺癌細胞系中的轉(zhuǎn)錄模式。

研究路線圖：

研究結(jié)果：

圖1 胰腺導管腺癌中l(wèi)ncRNA和分子亞型的鑒定

圖2 有胰腺癌基因組風險的lncRNA的鑒定，以及這些lncRNA在上皮細胞和基質(zhì)細胞中的表達情況

圖3 lncRNAFAM83H-AS1調(diào)控胰腺癌細胞系A(chǔ)spc1細胞中的轉(zhuǎn)錄圖譜

圖4 lncRNALINC00673調(diào)控胰腺癌細胞中的轉(zhuǎn)錄圖譜，并為維持上皮細胞特性所必須的影響因子

圖5瞬時抑制lncRNALINC00673的表達導致上皮細胞標志物缺失以及上皮細胞向間充質(zhì)細胞轉(zhuǎn)換