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比較毒理學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù) (CTD)小介紹

欄目:最新研究動(dòng)態(tài) 發(fā)布時(shí)間:2021-07-02
公共比較毒理基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)(CTD,http://ctdbase.org/)是一個(gè)創(chuàng)新的數(shù)字生態(tài)系統(tǒng),它將化學(xué)品、基因......

公共比較毒理基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)(CTD,http://ctdbase.org/)是一個(gè)創(chuàng)新的數(shù)字生態(tài)系統(tǒng),它將化學(xué)品、基因、表型、疾病和暴露的毒理學(xué)信息聯(lián)系起來(lái),以促進(jìn)對(duì)人類健康的了解。整合了基于文獻(xiàn)、人工策劃的交互,以創(chuàng)建一個(gè)知識(shí)庫(kù),協(xié)調(diào)跨物種異質(zhì)數(shù)據(jù)的化學(xué)暴露及其生物影響。在這兩年一次的更新中,報(bào)告CTD的含量增加了20%,現(xiàn)在提供了4500萬(wàn)個(gè)毒性基因組關(guān)系,涉及600個(gè)比較物種的16300多種化學(xué)品、51300個(gè)基因、5500種表型、7200種疾病和163000次暴露事件。此外,通過(guò)CTD疾病頁(yè)面上的新數(shù)據(jù)選項(xiàng)卡(幫助填補(bǔ)環(huán)境健康方面的知識(shí)空白)和新的表型搜索參數(shù)(用于批量查詢和維恩分析工具),增加了化學(xué)表型內(nèi)容的功能。此外,還介紹了新的CTD解剖學(xué)頁(yè)面,允許用戶從解剖學(xué)角度獨(dú)特地探索和分析化學(xué)-表型相互作用。最后,用新的基于文獻(xiàn)的化學(xué)同義詞增強(qiáng)了CTD化學(xué)頁(yè)面(以改進(jìn)查詢),并添加了1600個(gè)基于氨基酸的化合物(以增加化學(xué)景觀)??傊@些更新繼續(xù)增強(qiáng)CTD作為一個(gè)強(qiáng)大的資源,以產(chǎn)生關(guān)于環(huán)境影響疾病的病因和分子機(jī)制的可測(cè)試的假設(shè)。

首先這是首頁(yè)界面,可以根據(jù)自己想了解的疾病、化學(xué)品、基因和通路等進(jìn)行搜索。我們以氣道梗阻為例,首先進(jìn)入視野的就是進(jìn)本信息,然后是化學(xué)品與基因相互作用,其次是氣道梗阻相關(guān)化學(xué)品,之后是氣道梗阻相關(guān)基因,最后還有表型和通路相關(guān)數(shù)據(jù)。


數(shù)據(jù)庫(kù)還可以分析現(xiàn)有的化學(xué)品和基因相關(guān)數(shù)據(jù),根據(jù)自身需要檢索相關(guān)基因或者化學(xué)品。


   該數(shù)據(jù)庫(kù)還將解剖學(xué)及其相關(guān)表型與環(huán)境化學(xué)物質(zhì)聯(lián)系起來(lái),使它們可計(jì)算用于薈萃分析,并使 CTD 中化學(xué)和表型景觀的解剖學(xué)視角成為可能。2020 年, CTD 利用醫(yī)學(xué)主題詞中“解剖學(xué)”分支的修改子集作為其受控詞匯源,其中包括 1799 個(gè)用于解剖結(jié)構(gòu)和區(qū)域、生理系統(tǒng)、流體和組織、細(xì)胞和亞細(xì)胞成分的術(shù)語(yǔ)。 目前,CTD中超過(guò)247000種化學(xué)-型相互作用使用了870個(gè)解剖學(xué)術(shù)語(yǔ)。 用戶可以通過(guò)選擇門(mén)戶圖標(biāo)向下鉆取可導(dǎo)航層次結(jié)構(gòu)或使用 CTD 關(guān)鍵字搜索框中的“解剖”選擇列表選項(xiàng),從主頁(yè)訪問(wèn) CTD Anatomy。CTD Anatomy 頁(yè)面組織和合并數(shù)據(jù),允許用戶從解剖學(xué)角度探索交互;這可用于識(shí)別不同生理系統(tǒng)(例如腎臟、肝臟、大腦和心血管系統(tǒng))獨(dú)有或共享的化學(xué)物質(zhì)和表型,或發(fā)現(xiàn)例如影響影響的 1158 種化學(xué)物質(zhì) 心臟中有 600 種表型。同樣,已經(jīng)開(kāi)始將 CTD 暴露與 CTD 解剖學(xué)相結(jié)合,使環(huán)境健康科學(xué)家能夠調(diào)查暴露研究和組織和系統(tǒng)暴露化學(xué)應(yīng)激誘導(dǎo)表型的細(xì)節(jié)。最后,為了幫助提高數(shù)據(jù)庫(kù)的互操作性。


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