miRNA芯片數(shù)據(jù)發(fā)掘分析
 

• 芯片聚類分析

二、microRNA靶基因預測
“TargetScanS”，“miRanda (miRBase)”，“miRGen”等數(shù)據(jù)庫預測差異microRNA的所有靶基因。

• 靶基因GO分析

根據(jù)Gene Ontology數(shù)據(jù)庫對靶基因進行功能顯著分析，從而篩選顯著性功能的靶基因。

 
 
 
 
 

• 靶基因pathway分析

根據(jù)KEGG數(shù)據(jù)庫對靶基因進行Pathway分類，并進行顯著性分析從而得到顯著性的Pathway分類。

• 構(gòu)建MicroRNA與基因的調(diào)控網(wǎng)絡

通過構(gòu)建MicroRNA與基因的調(diào)控網(wǎng)絡，可以從中找出hub基因及hub microRNA.

• microRNA 、靶基因、轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡

microRNA也會受到轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控造成表達差異，通過系統(tǒng)研究轉(zhuǎn)錄因子與基因間的調(diào)控關系，可以為尋找重要轉(zhuǎn)錄因子及重要基因提供線索。

• microRNA啟動子分析及甲基化位點分析

當microRNA研究日趨火熱，越來越多的研究者開始關注microRNA本身甲基化變化。MicroRNA基因的甲基化變化也是造成microRNA表達差異的重要原因。